NDKmol - molecular viewer

NDKmol - Visualizador Molecular para Android

Sobre == ==

NDKmol é um visualizador molecular para o Android. Você pode visualizar estruturas tridimensionais de proteínas, ácidos nucléicos e pequenas moléculas. NDKmol suporta a maioria das representações comuns para moléculas, tais como fita, traço, vara, esfera e linha. NDKmol também suporta operações de simetria; assembléias biológicas e embalagem cristal pode ser exibido. Você pode pesquisar e baixar as estruturas de RCSB PDB e NCBI PubChem.

NDKmol tem quase mesma funcionalidade que GLmol, que é escrito em
WebGL / Javascript e roda em browsers. Você pode tentar GLmol em http://webglmol.sourceforge.jp/index-en.html

== Características ==

* Ler PDB ou arquivo SDF / MOL
* Girar / Traduzir / modelo Zoom pelo dedo
* Representações
    - Linha
    - Furar
    - Sphere (van der Waals raio)
    - Alpha carbono traço
    - Fita (fino ou grosso)
    - Strand
    - Tubo de fator B
    - Escada de ácido nucléico
    - Linha de ácido nucléico
    - "Estrelas" de solventes
* Suavização de beta-folhas
* Coloring
    - By cadeia
    - Por estrutura secundária (quando definido em registros Folha / helix)
    - Por elementos
    - Gradação (a.k.a chainbow)
    - Fator B
    - Polar / apolar
* Cristalografia
    - Visualização da célula unitária
    - Mostrar embalagem cristal (quando definido na seção REMARK)
    - Mostrar montagem biológica (quando definido na seção REMARK)

== Como Usar ==

Quando lançado, NDKmol carrega automaticamente Porin (PDBID: 2POR) como um exemplo. Você pode girar a molécula por seu dedo.
 
Para ampliar ou traduzir a molécula, pressione o botão MENU no seu telefone / tablet e selecionar o modo. Gestos com dois dedos também são suportados.

Tudo o resto pode ser feito a partir do menu.

Para carregar outros arquivos PDB, por favor coloque o arquivo no diretório "PDB" do cartão SD e selecione o comando "Open" no menu. Você também pode baixar estruturas diretamente do RCSB PDB e servidor web NCBI PubChem. Selecione "Search and Download" no menu.

Contato == ==

Site do Projeto está localizado na http://webglmol.sourceforge.jp/. Você pode obter os códigos-fonte para este programa a partir daqui.

Comentários e sugestões são bem-vindos no http://sourceforge.jp/projects/webglmol/forums/ ou [email protected]

Nota de licença === ===

Si NDKmol está licenciado sob a GNU Lesser General Public License como segue.

No entanto, arquivos PDB incluídas como exemplos estão sob diferentes condições.
Por favor, consulte
http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/about_pdb/pdb_advisory.html

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     Este programa é distribuído na esperança que possa ser útil,
     porém, SEM NENHUMA GARANTIA, nem mesmo a garantia implícita de
     COMERCIALIZAÇÃO ou ADEQUAÇÃO A UM DETERMINADO FIM. Veja o
     GNU Lesser General Public License para mais detalhes.

     Você deve ter recebido uma cópia da GNU Lesser General Public License
     junto com este programa. Se não, veja .